Центр коллективного пользования

Красноярского научного центра СО РАН

Устройство секвенирования ДНК по ТУ 9443-005-04699534-2013 с принадлежностями Институт аналитического приборостроения РАН НАНОФОР-05

Назначение прибора

Aвтоматическое определение последовательности ДНК (секвенирование по Сэнгеру) и проведение фрагментного анализа ДНК (определение длины и/или относительной интенсивности флуоресценции фрагментов ДНК).

Генетический анализатор Нанофор 05

Графическое изображение (электрофореграмма) нуклеотидной последовательности плазмиды pGEM, полученное на генетическом анализаторе Нанофор 05. Отображены уровни сигналов флюорисценции (внизу) и соответствующие им нуклеотиды (вверху).

Выровненные последовательности ДНК. Данные представлены в формате *.fas в программе BioEdit

Основные технические характеристики прибора

- Количество капилляров 8;
- Формат планшета 96 х 0,2 мл;
- Количество каналов детекции флуоресценции 7;
- Лазер твердотельный;
- Мощность лазера 110 мВт;
- Длина волны лазера 488 нм;
- Максимальная анализируемая длина фрагмента ДНК (фрагментный анализ) не менее 1200 нуклеотидов;
- Открытая система, позволяющая работать с реагентами других производителей;
- Программное обеспечение русскоязычное;
- Автоматическая конвертация данных в форматы *.ab1, *.fsa.

Области применения прибора

Фундаментальные исследования в области анализа нуклеиновых кислот, биотехнология, сельское хозяйство, медицина, санитарно-эпидемиологический контроль, криминалистика.

Требования к образцам исследования

Подготовка образцов для секвенирования включает следующие этапы:
- Выделение ДНК из анализируемого образца;
- Постановка реакции ПЦР со специфическими праймерами к целевому фрагменту ДНК;
- Очистка ПЦР-продукта от праймеров, нуклеотидов, неспецифических амплифицированных фрагментов. Рекомендуется проводить коммерческими наборами для ферментативной очистки ПЦР-продуктов (ExS-Pure™, ExoSAP-IT Express). При наличии неспецифических фрагментов очистка возможна с помощью магнитных частиц или в агарозном геле;
- Оценка концентрации ДНК на спектрофотометре, флюориметре или в сравнении с маркером молекулярного веса ДНК в агарозном геле;
- Проведение реакции секвенирования по Сэнгеру с набором реактивов, совместимыми со спектральной калибровкой BigDye Terminator v 3.1, например BigDye™ Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit;
- Очистка продуктов реакции секвенирования от ионов солей, невстроенных терминаторов и dNTPs наборами BigDye XTerminator Purification Kit, iX-Pure™ DyeTerminator Cleanup kit или этанолом. При очистке этанолом лиофилизированные образцы непосредственно перед секвенированием необходимо ресуспендировать в 10 мкл высокоочищенного формамида (Hi-Di Formamide).

Время, необходимое на одно измерение

- предельное время установления рабочего режима: 1 час;
- время непрерывной работы: 12 часов;
- характерное время на одно измерение (одновременно анализируется 8 образцов): 1 час;
- время исполнения заказа: от 2 до 10 дней (зависит от положения в очереди заказчиков).

Расходные материалы

указано для одновременного анализа 8 образцов.
- Полимер ПДМА-6 – 120 мкл;
- 10-кратный буфер для электрофореза ТАПС – 5 мл;
- Формамид – 80 мкл;
- Антииспаритель (септа) на 96 лунок – 1 шт;
- Антииспаритель (септа) на 16 лунок – 3 шт.

Форматы данных, выдаваемых прибором

полученные данные по сиквенсному анализу выдаются в виде файлов в формате *.srd и в формате *.ab1. Возможна конвертация в форматы *.txt и *.fas

BioEdit доступна онлайн бесплатно

Процедура подачи образца на измерения

Электронная заявка через сайт КРЦКП ФИЦ КНЦ СО РАН и контактным лицам:
Экарт Александр Карлович, к.б.н., с.н.с. лаборатории лесной генетики и селекции ИЛ СО РАН. E-mail aekart@yandex.ru, тел.: 89509813284

Услуги и их стоимость

- при заказе анализа менее 8 образцов стоимость рассчитывается с учетом расходных материалов на 8 образцов;
- при заказе анализа образцов, требующих проведения реакции секвенирования и/или очистки продуктов, стоимость рассчитывается индивидуально с учетом метода очистки и затрат на реагенты и расходные материалы;
Все исследования для сторонних организаций выполняются на договорной основе.

Контактная информация

Место расположения прибора:	660036, Академгородок, 50, строение 28, Институт леса им. В.Н. Сукачева СО РАН, лаборатория лесной генетики и селекции
Ответственный за прибор	Экарт Александр Карлович т
Заявки принимает	Представитель РЦКП ФИЦ КНЦ СО РАН в ИЛ СО РАН Лоскутов Сергей Реджинальдович, д.х.н., зав лабораторией физико-химической биологии древесных растений. E-mail lsr@ksc.krasn.ru, тел.: 8(391)-249-44-69; 8-950-983-81-27. Экарт Александр Карлович, к.б.н., с.н.с. лаборатории лесной генетики и селекции ИЛ СО РАН. E-mail aekart@yandex.ru, тел.: 89509813284.